Os manuscritos do Mar Morto foram casualmente descobertos por um grupo de pastores de cabras, que em busca de um de seus animais, localizou, em 1947, a primeira das cavernas com jarros cerâmicos contendo os rolos. Inicialmente os pastores tentaram sem sucesso vender o material em Belém. Mais tarde, foram finalmente vendidos para Athanasius Samuel, bispo do mosteiro ortodoxo sírio São Marcos em Jerusalém e para Eleazar Sukenik, da Universidade Hebraica, em dois lotes distintos.
A autenticidade dos documentos foi atestada em 1948. Em 1954, governo israelense, que já havia comprado o lote de Sukenik, comprou através de um representante, os documentos em posse do bispo, por 250 mil dólares.
Outra parte dos manuscritos, encontrada nas últimas dez cavernas, estavam no Museu Arqueológico da Palestina, em posse do governo da Jordânia, que então controlava o território de Qumram. O governo jordaniano autorizou apenas oito pesquisadores, a trabalharem nos manuscritos.
Em 1967, com a Guerra dos Seis Dias, Israel apropriou-se do acervo do museu, porém, mesmo com a entrada de pesquisadores judeus, o avanço nas pesquisas não foi signicativo. Apenas em 1991, com a quebra de sigilo por parte da Biblioteca Hutington, em relação aos microfilmes que Israel havia enviado para algumas instituições pelo mundo, um número maior de pesquisadores passou a ter acesso aos documentos, permitindo que as pesquisas, enfim avançassem significativamente.
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